Wenecka dominacja

W 1204 roku wyspa Thera (podobnie jak inne wyspy na Morzu Egejskim) przeszła w ręce Wenecjanina Marco Sanudo i tym samym stała się częścią Księstwa Naksos (lub Księstwa Egejskiego). Ważnym władcą wyspy był Giacomo Barozzi, wenecki baron Santorini i Thirasia, którego potomkowie rządzili wyspą do 1480 roku. Księstwo zostało następnie przyłączone do Wenecji w 1487 roku.

Wenecjanie nadali wyspie nową nazwę po swojej patronce, świętej Irenie ("Santa Irini") i tak powstała wyspa Santorini. Na wyspie wybudowano potem kilka nowych budynków ku pamięci świętej Ireny, w tym piękną Bazylikę Santa Irini (z 1477 roku).

Okres panowania weneckiego był jednak naznaczony przede wszystkim ciągłymi walkami z bandami pirackimi oraz, w mniejszym stopniu, rywalizacją pomiędzy lokalnymi władcami. Ta napięta atmosfera doprowadziła do powstania pięciu grodzisk (kasztelów), które stały w strategicznych miejscach i były wyposażone w bramy i wieże strażnicze. Choć kasztele te zostały poważnie uszkodzone przez trzęsienie ziemi w 1956 roku, ich pozostałości przetrwały do dnia dzisiejszego i stanowią obecnie ciekawe punkty orientacyjne na wyspie Santorini. Są to Zamek Skaros (w dzisiejszym Imerovigli), Zamek Pyrgos, Zamek Emporio, Zamek Akrotiri (Punta Castelli) oraz Zamek Agios Nikolaos (lub Apanomerias) w miejscowości Oia.

Panowanie tureckie

Weneckim władcom udało się na przestrzeni lat wynegocjować szereg traktatów o uznaniu ze strony Imperium Osmańskiego. Jednak nawet to nie powstrzymało tureckich najazdów i w 1579 roku wyspa Santorini została ostatecznie podbita przez osmańskiego admirała Piyale Pashę. Turcy nazywali wyspę "Dermetzik", co w tłumaczeniu oznacza "mały młyn" (prawdopodobnie z powodu licznych młynów na Santorini). Podczas wojny rosyjsko-tureckiej (która miała miejsce w drugiej połowie XVIII wieku), wyspa na krótko znalazła się pod panowaniem rosyjskim, ale szybko wróciła pod kontrolę Turków osmańskich.

W okresie panowania tureckiego wyspa nie musiała już zmagać się z atakami piratów i zbudowała własną flotę handlową. Santorini z powodzeniem rozwijało więc swoje stosunki handlowe z głównymi miastami portowymi wschodniej części Morza Śródziemnego i zdołało utrzymać swoją uprzywilejowaną pozycję w następnym stuleciu. Na przykład do dziś na wyspie można znaleźć dwory z tego okresu, które świadczą o wysokim poziomie życia miejscowej ludności.

Niezależność Santorini

Po wybuchu greckiej wojny o niepodległość, która rozpoczęła się w marcu 1821 roku w Grecji kontynentalnej, Santorini poszło w jej ślady w maju, choć miejscowy Kościół katolicki miał zastrzeżenia co do tego posunięcia. Santoryńska flota morska była bardzo silna i odegrała znaczącą rolę w greckiej wojnie o niepodległość. Wyspa Santorini ostatecznie stała się częścią niepodległego Królestwa Grecji w 1832 roku (wraz z podpisaniem traktatu konstantynopolitańskiego).