Do początku XX wieku Santorini korzystało z kwitnącego handlu morskiego i posiadało jedną z największych flot handlowych na Morzu Egejskim. Głównymi towarami eksportowymi w tym czasie było słynne santoryńskie wino, pomidory i tekstylia (zwłaszcza bawełna). Jednak wraz z wynalezieniem statków parowych nastąpił częściowy upadek dotychczasowej żeglugi.

Po wybuchu II wojny światowej w 1939 roku Grecja początkowo pozostała neutralna, ale wzrosły naciski ze strony włoskiego reżimu faszystowskiego. Z czasem wojska niemieckie i włoskie zajęły wyspę Santorini i pozostały tam do końca okupacji w październiku 1944 roku. W miejscowościach Pyrgos i Karterados znajdują się tablice upamiętniające osoby, które zginęły podczas II wojny światowej.

Trzęsienie ziemi w 1956 roku i następujący po nim wybuch wulkanu były dla wyspy Santorini katastrofą gospodarczą i społeczną. Trzęsienie ziemi poważnie uszkodziło infrastrukturę wyspy, większość budynków została zniszczona i nastąpił znaczny spadek liczby miejscowej ludności (wielu ludzi straciło życie, a inni po tym wydarzeniu wyprowadzili się). Niestety, wyspa poniosła również niepowetowane straty w zakresie zabytków - zdecydowana większość budynków w pięknym miasteczku Fira została zniszczona, a miasteczko Oia wręcz zrównane z ziemią i musiało zostać odbudowane. Katastrofa ta sprawiła, że wyspa Santorini powróciła do czasów biedy i trudności.

Dopiero w latach 70-tych wyspa zaczęła się ponownie ożywiać, kiedy to jej uwaga zwróciła się w stronę rozwijającego się przemysłu turystycznego, który dziś stanowi największą część gospodarki wyspy. Innym ważnym sektorem pozostaje produkcja wina, która dzięki żyznym glebom wulkanicznym rozwijała się tu wcześniej i która została zmodernizowana po 1956 roku.

Obecnie grecka wyspa Santorini jest jednym z najpopularniejszych miejsc turystycznych na świecie. Tysiące turystów udaje się tu każdego roku, aby na własne oczy przekonać się o wyjątkowości tej wulkanicznej wyspy, w tym o uformowanej kalderze, wulkanicznych plażach i zapierających dech w piersiach zachodach słońca. Santorini jest również popularnym miejscem ceremonii ślubnych i podróży poślubnych.