Cywilizacja minojska narodziła się i rozwinęła na sąsiedniej wyspie Krecie około 5 tys. lat temu. Minojczycy byli ludem wykształconym, wykwalifikowanymi kupcami, artystami i wytrawnymi żeglarzami. Jako pierwsi w Europie stworzyli też i używali języka pisanego, który dopiero niedawno został rozszyfrowany. Ale w okresie ich świetności przyszło coś, co oznaczało koniec dla całej kultury minojskiej. Zachowało się jednak wiele śladów świadczących o jego istnieniu i dojrzałości.

Gdzieś między 2000 a 1600 p.n.e., Minojczycy przybyli na wyspę Santorini i osiedlili się w obszarze znanym obecnie jako Akrotiri. Akrotiri było zresztą jedną z najważniejszych prehistorycznych osad w regionie Morza Egejskiego, gdyż pierwsi mieszkańcy pojawili się tu już w późnym neolicie (od IV tysiąclecia p.n.e.). Z czasem na tym terenie powstała cała osada, która rozwinęła się w jeden z głównych ośrodków miejskich i portów Morza Egejskiego w środkowej i późnej epoce brązu (ok. 20-17 w. p.n.e.).

Minojczycy w Akrotiri zbudowali szczególnie rozwinięte miasto z budynkami publicznymi (nawet wielopiętrowymi), kamiennymi domami, ulicami, targowiskiem, a nawet systemem kanalizacji. Miasto Akrotiri wzbogaciło się głównie na handlu, a oprócz tradycyjnych rzemiosł kwitła tu sztuka, taka jak malowanie farbami, wyrób biżuterii itp. Freski z Akrotiri słyną zwłaszcza z żywych kolorów i pięknych przedstawień.

Kilka z nich, a przynajmniej ich fragmenty, zachowały się i wraz z innymi ciekawymi artefaktami (m.in. narzędziami, naczyniami, marmurowymi figurkami, misterną biżuterią itp.) można podziwiać w Muzeum Prehistorycznym Thera. W stolicy kraju, Fira, znajduje się również Muzeum Archeologiczne Thery, którego ekspozycja śledzi historię Santorini od czasów najdawniejszych do współczesności.

Około 1600 r. p.n.e., po serii drobnych trzęsień ziemi, doszło jednak do niewyobrażalnej erupcji wulkanu, która głęboko wpłynęła na życie nie tylko na Santorini, ale także w bliższej i dalszej okolicy. Erupcja wulkanu Strongyli całkowicie zmieniła kształt wyspy i jest obwiniana za upadek całej cywilizacji minojskiej. Jednak warstwa pyłu wulkanicznego i innych cząstek doskonale zachowała miasto Akrotiri, a stanowisko archeologiczne Akrotiri jest dziś unikalnym zabytkiem na Santorini.