Dzięki jakości swoich fortyfikacji rycerze zakonu joannitów byli w stanie przez ponad dwieście lat skutecznie opierać się najazdom różnych zdobywców. Punkt zwrotny nastąpił w 1552 r., kiedy turecki sułtan Sulejman, zwany Wspaniałym, wylądował na Rodos i rozpoczął oblężenie z flotą liczącą 200 okrętów wojennych. Oblężenie wyspy trwało sześć długich miesięcy i obie strony były wyczerpane. Podobno sułtan ostatecznie zwyciężył dzięki zdradzie jednego z mieszkańców, który zwierzył mu się, że obrona miasta jest już u kresu wytrzymałości. Turcy jeszcze raz uderzyli na wyspę z wielką siłą i zdobyli twierdzę. Ostatni wielki mistrz zakonu joannitów, Villiers de l`Isle Adam, został w ten sposób zmuszony do przekazania kontroli nad wyspą sułtanowi tureckiemu, a Rodos stało się częścią Imperium Osmańskiego.

Po kapitulacji pozostawiono 180 rycerzy, którym pozwolono odpłynąć. Rycerze znaleźli nowy dom na Malcie i otrzymali nazwę, pod którą są znani do dziś - Rycerze Maltańscy. Rycerze zabrali ze sobą również 8000 chrześcijan, kolekcję dzieł sztuki, norm kościelnych i relikwii.

Chociaż Turcy skutecznie podbili wyspę, a miasto Rodos stało się stolicą egejskiej prowincji Imperium Osmańskiego, nigdy nie udało im się podporządkować sobie miejscowej ludności. Pod rządami tureckimi Rodos było raczej opustoszałe, z okazjonalną świątynią zamienioną na minaret lub dwór, w stolicy wybudowano też łaźnie tureckie. Turcy nie wykazali jednak większego zainteresowania architekturą i kulturą na wyspie, a miasta powoli się wyludniały. Główną siłą gospodarczą wyspy było rolnictwo i aż do XIX wieku Rodos funkcjonowało jako rynek zbytu dla dostaw rolnych na własny użytek i dla okolicznych małych państw. Jednak jej znaczenie międzynarodowe malało.

W czasie okupacji tureckiej wyspa była rządzona przez Kapudana Paszę, była też siedzibą głównego administratora prowincji egejskiej Imperium Osmańskiego, której częścią było Rodos. Jednak tylko Turcy i Żydzi mogli mieszkać na Starym Mieście, a miejscowi musieli przenieść się na nowe przedmieścia poza obrębem murów miejskich. Greccy robotnicy, którzy pracowali na Starym Mieście, byli co wieczór wypędzani poza jego mury. W ten sposób powstało Nowe Miasto.

Turkom jednak nigdy nie udało się przejąć całej wyspy i zawsze byli mniejszością na Rodos. Mimo to niektóre miasta zdołały zachować pewien stopień niezależności, w tym także gospodarczej - zwłaszcza Lindos. W 1821 roku Grecy z kontynentu zbuntowali się przeciwko Turkom i uzyskali niepodległość. Rodyjczycy byli jednak zbyt wyczerpani i pozostali pod panowaniem tureckim. Turcy okupowali wyspę aż do 1912 roku.

Zabytki:

400 długich lat tureckiego panowania zrobiło swoje żniwo na Rodos. Niegdyś kwitnąca wyspa stopniowo popadała w ruinę i upadek, także w architekturze i sztuce. Turcy nie dbali o budynki i nie naprawiali ich. Sytuację pogorszyło kilka silnych trzęsień ziemi, które nawiedziły wyspę. Część budynków została zburzona, niektóre kościoły sporadycznie przerabiano na minarety. W stolicy wybudowano kilka meczetów i łaźni publicznych. Dziś ta część Starego Miasta znana jest jako "Dzielnica Turecka".